في القرن التاسع عشر تم إنشاء نادي Lyon Olympique للرياضات في سنة 1899م . وبعد مرور عدة سنوات اختلف المسئولون عن رياضة الرجبي مع المسئولين في رياضة كرة القدم وقرروا فصل الناديين وقرر المسئولون عن رياضة كرة القدم تغيير الاسم إلى Olympique Lyonnais .
قبل سنة 1966 حقق الفريق بعض النجاحات حيث عندما تم تغيير مسمى الفريق إلى FC Lyon في سنة 1908 حقق الفريق بطولة الدوري سنة 1910 . في سنة 1920 انتقل النادي إلى ملعب جيرلاند الذي صممه المهندس الفرنسي توني جارنييه قبل سبع سنوات .
وتم تغيير مسمى النادي مجددا إلى Lyon Olympique Universitaire وانضموا إلى ركب الأندية المحترفة في سنة 1942 . وحقق في أول مرة يشارك فيها بطولة المنطقة الجنوبية للمحترفين متفوقا على فريق بوردو بفارق نقطتين . وبهذه النتيجة صعد الفريق إلى الدرجة الأولى اعتبارا من موسم 1945/1946 ولكن الفريق خاض مباراة البقاء وخسرها من فريق فيليكس لوت وبذلك عاد الفريق إلى الدرجة الثانية في سنة 1946 .
وانتظر فريق ليون خمس سنوات من أجل الفوز ببطولة الدرجة الثانية والصعود إلى الدرجة الأولى في سنة 1951 وهي تعتبر البطولة الرسمية الأولى في سجل النادي . ولكن لم يصمد فريق ليون كثيرا حيث بقي في الدرجة الأولى موسم واحد وعاد مجددا إلى الدرجة الثانية . وقرر المدرب الفرنسي جوليان داروي أن يبعد اللاعبين الكبار في السن والاعتماد على اللاعبين الشبان الذين استطاعوا أن يحققوا حلم الصعود إلى الدرجة الأولى في سنة 1954 وهي ثاني مرة يفعلونها في خلال أربع سنوات .
وفي خلال حقبة الستينات والسبعينات حقق فريق ليون بطولة كأس فرنسا ثلاث مرات ، علما بأن خمس مدربين فقط تولوا تدريب الفريق خلال تلك العشرين سنة . وتعرض الفريق لسلسلة من الأزمات أدت إلى هبوط الفريق إلى الدرجة الثانية في سنة 1983 .
[عدل] جان ميشيل أولاس - الحلم الأوروبي
استلم جان ميشيل أولاس رئاسة النادي في سنة 1987 وأنفق على النادي الكثير من الملايين من أجل أن يجعل فريق ليون ثابتا في الدرجة الأولى ومن أجل تطويره للمشاركة الدائمة في البطولات الأوروبية في خلال خطة تستمر 15 سنة . من خلال المدربين دينيس باباس ومارسيل لو بورني فإن فريق ليون صعد إلى الدرجة الأولى وعاد فورا إلى الدرجة الثانية مرتين متتاليتين .
ريمون دومينيك الذي كان من مواليد مدينة ليون تولى تدريب الفريق من أجل تحقيق هدف واحد وهو التأهل مجددا إلى الدرجة الأولى فورا . وبعدما تعادل فريق ليون في آخر مبارياته مع فريق أليه حقق الفريق بطولة دوري الدرجة الثانية للمرة الثالثة في تاريخه .
وفي الموسم الأول لفريق ليون تحت قيادة دومينيك في الدرجة الأولى احتل المركز الثامن وهو مركز بعيد جدا عن منطقة الهبوط . ثم استطاع دومينيك تطوير الفريق وحقق المركز الخامس في الموسم الثاني له في الدرجة الأولى مما منح الفريق حق المشاركة في بطولة كأس الاتحاد الأوروبي . تحققت المشاركة في بطولة أوروبية بعدما أمضى الفريق سنتين في الدرجة الأولى وبعدما أمضى أولاس أربع سنوات في رئاسة النادي .
وقرر دومينيك في نهاية موسم 1992/1993م ترك نادي ليون لكي يتم تعيينه مدربا لمنتخب فرنسا للشباب تحت 21 سنة . كان الاختيار الأول لأولاس لخلافة دومينيك هو نجم منتخب فرنسا السابق في حقبة الثمانينات والذي كون مع ميشيل بلاتيني ، لويس فيرنانديز ، و ألان جيريس الرباعي الماسي وهو جان تيجانا . استطاع تيجانا تطوير فريق ليون بحيث أصبح ينافس على إحراز بطولة دوري الدرجة الأولى في وجود العديد من اللاعبين الموهوبين أبرزهم نجم الكرة الغانية عبيدي بيليه . على الرغم من ذلك قرر تيجانا ترك النادي في سنة 1995م بسبب ضغط وسائل الإعلام الرياضية عليه .
واستلم جاي ستيفان تدريب الفريق خلفا لتيجانا وقاد الفريق لتحقيق مركز أهله للمشاركة في بطولة كأس انترتوتو المؤهلة للمشاركة في بطولة كاس الاتحاد الأوروبي . وقدم ستيفان استقالته في بداية موسم 1996/1997م وحل مكانه نجم الفريق السابق برنار لاكومب فورا . وخسر الفريق في الدور الثاني من البطولة على يد فريق إنترناتسيونال ميلانو الإيطالي العملاق مما جعله يخرج خاوي الوفاض من البطولة الأوروبية مبكرا . واستمر تطور الفريق حيث احتل المركز السادس في موسم 1997/1998م ثم المركز الثالث موسمين متتاليين 1998/1999م و 1999/2000م